19世紀中葉，清朝在鴉片戰爭中戰敗，被迫簽訂了一系列不平等條約，在對外貿易和領土方面做出了重大讓步。伺機蠶食中國領土的外國列強隨即將覬覦的目光投向了新疆這一處于帝國腹地的遼闊區域。1865年，輔以英俄勢力的中亞軍閥阿古柏趁機率軍入侵新疆，在當地展開了長達14年的殘暴統治。
為收復新疆、重建疆域安定，1875年清廷決意出兵收復新疆，派左宗棠為欽差大臣督辦軍務。歷經艱苦卓絕的四年戰事，清軍終于收復了除伊犁外的全疆土地。左宗棠在戰后采取「不留生俘」的嚴厲手段，確保了新疆在未來30年的和平穩定。這場收復新疆的戰爭，是近代歷史上影響深遠的重要戰役之一。
1864年，因地方官僚壓迫過重，新疆各地爆發了規模浩大的農民武裝起義。起義很快被各地回族領袖利用，轉變為反清復明的叛亂。清廷為鎮壓起義，調兵達7個月之久。此時，浩罕汗國的軍閥阿古柏趁亂帶兵數萬入侵新疆，僅用1個月時間就攻占了迪化等地，建立了哲德沙爾反動政權。
阿古柏此舉引起了英國與沙皇俄國的高度重視。英國務求打開中亞市場，打通商路，對阿古柏心懷期待；而沙俄則借阿古柏之力擴張疆域，對準新疆虎視眈眈。于是，兩國競相支援阿古柏，英國提供武器彈藥，俄國更直接派兵參戰，表面上是「代收代守」，實則是乘機侵占伊犁等地。
在外勢力的扶持下，阿古柏勢如破竹，所到之處無不殺掠、燒搶。漢城（今烏魯木齊）經歷七晝七夕的大屠殺后，尸橫遍野，污血成渠；阿克蘇、庫車等城池被攻占后，阿古柏下令屠城，餓殍遍地。據說光是在和田一地，就有十多萬人慘遭殺戮。
在阿古柏殘酷的統治下，新疆百姓處在水深火熱之中。
有當地村民回憶道：「那時阿古柏率兵來了，殺人放火，我們夜不能寐，惶惶然如喪家之犬。」「哭聲、求救聲此起彼伏，我至今還無法忘卻。」百姓們膽戰心驚，只盼朝廷早日出兵，拯救蒼生于水火。
面對新疆危急，清廷經歷了一番波折，最終決心收復新疆。
1875年前，朝野對于新疆問題論爭不休。主張「海防」的李鴻章力陳新疆不毛之地，開辟艱難，守衛更費錢糧，不如放棄。左宗棠作為駐疆大員，對新疆地理人情了如指掌，多次上疏駁斥「新疆無用論」，陳說新疆物產豐富，戰略位置重要，切不可輕讓。
作為將軍，左宗棠性情剛毅，講義氣；作為文臣，他又好學能文，將字寫得俊逸飄逸。
面對朝堂爭辯，左宗棠深諳語言之力，每每一語中的，將新疆之盛世景象娓娓道來。且說新疆物產豐富，他便指出「蕃地遍產名香異藥，出羊馬牛駱駝綿羊，又多金銀，為我國之寶庫」；說新疆戰略地位，他便闡明「噶爾丹（東突厥斯坦）西北之塞，扼西域之咽喉，所以塞中之安危，系關內之寧靜」。就在左宗棠一再極力爭取之時，1875年初，阿古柏部擊敗清軍，再次襲擾迪化等地。清廷這下方知新疆事關全局，忙召左宗棠赴京商議軍事。見識到左宗棠的才干后，同治帝遂敕命其為欽差大臣，策應出師，以收復新疆。
左宗棠欣然接命，立時便坐落西寧布置軍務，并上奏章陳軍隊編制、軍餉糧秣、所需車馬等各項預算開支。所有軍需，左宗棠皆提前盤算得清清楚楚。顯見他雖為文人出身，領軍征討卻毫不生疏，且治軍嚴謹，十分用心。
1875年冬，在左宗棠的部署下，由劉錦棠率領的清軍主力啟程西征。次年，清軍連戰連捷，先后攻占阜康、古牧地、烏魯木齊等地。1877年，清軍越天山南下，連克達坂城、庫爾勒、阿克蘇等城。至此，新疆之地已基本收復。
這場戰爭持續了整整4年，清軍行軍兩萬余里，幾乎橫跨整個新疆疆域。面對戰事的艱辛，左宗棠作為大員，也寢食難安、操勞過度。然他知兵者勝，精心部署，時刻關心軍隊后勤供給，以免士氣低落。四年的血與火換來了阿古柏反動勢力在新疆的覆滅，可見左宗棠用兵之慎重與睿智。
然而，敵人雖已大敗，余孽尚存。白彥虎等阿古柏殘部仍四散奔逃，心懷不軌。左宗棠深知賊人賊心，須斬草除根，方可長久安寧。
1879年，董福祥奉命率軍搜索剿匪，在天山一帶追至布倫可，終于將阿古柏殘部圍殲。由于對阿古柏的殘忍行徑痛恨至極，董福祥下令即使投降的敵人也不留活口。
董福祥原是痞子出身，性格剽悍，恨不得將敵人碎尸萬段。其部下見他神色冷漠，亦知其有殺心，只得執行命令。最終，數千阿古柏殘部全數被斬殺。
左宗棠聞訊大驚，其性格雖剛毅，素有威嚴，卻也不是殘忍之人。但轉念一想，阿古柏數年來在新疆殘害民眾，董福祥這樣做也出于對百姓的憐憫之心。于是左宗棠便力排眾議，為董福祥開脫，稱其「大振軍威」。
也正因如此毅然決斷，斬草除根，新疆這才迎來了難得的三十年安定。有新疆老人感慨道：「阿古柏死后，我們這些苦命百姓總算可以安穩地睡個好覺了。」
這場粗暴的「不留活口」虐殺，對后世的批評聲一直存在。但放在當時那個動蕩血腥的歷史背景下看，它是左宗棠根據形勢所作的不得已而為之的決定。
新疆能夠重歸中國版圖，百姓得以幸免水火，靠的正是左宗棠那股與文人氣質不太相符的堅定果決。在收復新疆的戰爭中，左宗棠秉持著救民于水火的宗旨，為新疆百姓爭取了難得的太平。這場硬仗，他力戰四年，乃是大忠大勇之舉，功在新疆，名留青史。
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