李自成大順軍撤出武昌后屢遭清軍挫敗，在武昌外圍、富池口、桑家口、九江等地的戰斗中大敗虧輸，軍隊死傷、逃散過半，大將劉宗敏（封汝侯）在九江突圍戰中中箭被俘，旋即被清軍刮殺。同時被清軍殺害的還有李自成的兩個叔父趙侯和襄南侯以及一批隨軍眷屬。軍師宋獻策被俘后不知所終。

李自成率大順軍殘部撤出九江后掉頭南下，向江西、湖北交界處轉移。彼時，南明悍將左良玉已因憂急嘔血而死，其軍由他的兒子左夢庚繼領。從此時的形勢來說，李自成所率的大順軍余部正處于前后夾擊的險惡境地。在大順軍身后，有尾追不舍的清軍，前面有左夢庚統轄的明軍，這股力量雖然因主將左良玉已死而士氣受挫，但也不能忽視，因大順軍戰損過半，幸存將士驚魂未定，李闖王現在很難一舉將其殲滅。

如果不能迫使手下敗將左良玉軍繳械投降，即使能將它一舉擊潰，那麼還是不能擺脫清軍的的追擊，這樣是沒有任何好處的。若李自成率軍迅速撤離九江，沖出這道夾縫，或許就能使清軍與明軍遭遇，這樣或許就能引起清軍和明軍的沖突。如果真能這樣，久戰疲憊，損兵折將的李自成就可以得到一個寶貴的喘息之機，趁機南下，在清軍還未占領的南方拓展生存空間，求得新的發展，養精蓄銳，招兵買馬，恢復并壯大自己的實力，擇機東山再起。從策略上看，李自成這樣的布置還是頗有道理的。

但是，事情的發展總是不以人的意志為轉移，計劃沒有變化快，之后發生事讓李闖王始料不及。

當清軍大舉到達后，確實與左夢庚節制的左良玉大軍迎頭相撞，但李自成預料兩軍猶如電光火石般的激烈碰撞并未發生。

據《綏寇紀略》記載，清軍大舉開至后，左夢庚卻沒率部對敵進行任何殊死抵抗，反而「偕澍以眾降于九江」。左夢庚在九江率領亡父左良玉留下的軍隊全伙投降了清軍。形勢驟變，李自成這一計劃又落空了。這就使大順軍的處境更加困難了。

彼時，滿清豫親王多鐸已經率滿蒙漢八旗大軍攻掠江南，相繼攻克嘉定、揚州等長江下游重鎮，即將平定整個江南地區。南明福王政權卷縮在南京，一日數驚，已經岌岌可危。李自成幾乎瀕陷絕境，異常被動，左思右想，他決定移師向湖北西南方向的通山縣山區暫避清軍鋒芒，同時打破這種疲于奔命的被動頹局。

由于李自成大軍離開陜西南下后，屢遭清軍重創，特別是棄武昌至九江這段時間，屢戰屢敗，在武昌擄掠的無數船只均被清軍奪走，20萬將士死傷、潰散過半，剩余的也如驚弓之鳥，人心搖動，李自成的計策又一再失算，于是只有往清軍力量薄弱的西南方向遁去。

順治二年（1645）夏，李自成率數萬大順軍余部潰退到兩湖交界處的通山縣東南方向九宮山區一帶。此時正值盛夏季節，艷陽高照，暑氣蒸人，大順軍中傷病員很多，加上疾疫肆虐，軍心渙散，士氣非常低落。這麼多人馬聚集于九宮山中，糧餉匱乏，最大的困難就是如何征集糧草的問題，在這貧窮落后的山區，打糧可不是件容易事，外出打糧的大順軍士還屢遭當地團練、鄉兵的襲擊，鄉民敵視，打糧不易，戰士死傷頗多 ，大軍即將餓肚子，李自成很是頭痛。

許多大順軍將士傷病纏身，又因屢戰屢敗，前途迷茫，產生了悲觀心理，部分人實在忍受不了，就偷偷開小差到山外投降了清軍。

不久，英親王阿濟格率領滿漢大軍尾追而至，旋即對困守山中的大順農民軍展開了大規模圍攻。

關于九宮山之役，清初的一些史籍中關于一些清軍將領事跡的記載中有所涉及。比如《清實錄》中清將阿積賴的傳記中就有描述：

「（阿積賴）隨英親王阿濟格追擊自成于武昌，屢破賊壘。聞自成躥入九宮山，復搜剿之，翦其黨羽甚眾」。

清初八旗名將達素的傳記中也有關于他參加九宮山之役的記載：

「（達素率軍）直前沖殺，自成奔九宮山，（達素）復同尚書覺羅巴哈納追至山頂敗之，獲馬一百三十匹」。

此時李自成麾下的大順軍余部早已士氣崩潰，將士皆無心戀戰，幾乎喪失了戰斗力，連連被清軍擊敗。激戰中，自成的養子張鼎的妻子被清軍俘虜，追隨他征戰多年的大將也先后戰死，幾乎喪失殆盡，這一切都對一向性格堅毅的李自成的信心造成了很大挫傷。

清順治二年（1645） 五月初的一天，因身邊愛將死傷殆盡，李自成親自率領20個親兵翻越九宮山偵查地形（一說外出籌集糧食？）， 在牛脊嶺嶺下突遭當地鄉勇突襲，混戰中，他和親隨們被團練沖散。李自成孤身一人殺出重圍，沖到小月山牛脊嶺上的一座破廟中藏匿，因過于疲倦加驚恐，他竟昏昏睡去。

結果鄉民（一說當地團練頭子）成就波和其外甥金一柏等意外發現 有陌生人藏身于古廟中酣睡，旋即悄悄摸進去，李自成突然驚醒，立刻拔劍奮起自衛，無奈寡不敵眾，搏斗中被金一柏一鐵鏟擊中后腦，「碎其首」， 頭顱被砸得肝腦涂地，慘叫著倒在血泊中抽搐死去...... 戎馬一生，見慣驚濤駭浪的李闖王，竟然死于一個寂寂無名的鄉野農夫之手。

據記載，程九伯、金一柏等人還不知道被打死的這個人是誰，見他著裝不同凡響，配飾華麗，還以為是一個盜賊頭目，後來才知道，這個被他們擊斃的人原來就是將明朝攪得天翻地覆、威名赫赫的闖王李自成。

至此，李自成風云激蕩、戎馬倥傯的一生緩緩降下帷幕，中國歷史上硝煙彌漫、攪起一陣陣腥風血雨的明末農民大起義也隨之退出歷史舞台。

關于李自成的終局，還有不同說法：死于九宮山牛脊嶺上的并非闖王本人，而是其替身賀某某，自成真身早已棄眾偷偷潛往湖湘常德府石門縣夾山寺出家為僧，法號奉天玉大和尚。其幸存部眾後來大都歸附南明，以聯明抗清。此說有許多相互矛盾之處，當不得真。不論怎樣，李自成這位一代梟雄徹徹底底的消失了，他的最終結局還是一個待解的歷史謎團。

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